Η Μονή, αφιερωμένη στην Παναγία, ιδρύεται στα υστεροβυζαντινά χρόνια, όταν ο μοναχισμός στην Βέροια και την γύρω περιοχή της βρίσκεται σε ιδιαίτερη ακμή, με την επωνυμία Παναγία Κουκουμητριώτισσα από το όνομα του ιδρυτή και κτήτορά της, του Βεροιώτη άρχοντα Κουκούμη (14ος αι.). Η επωνυμία Δοβρά, που επικράτησε σταδιακά από τον 17o αι. και εξής προέρχεται από το ομώνυμο, γνωστό από τα τέλη του 14ου αι., τοπωνύμιο του γειτονικού οικισμού.

Οι γραπτές μαρτυρίες που μας παραδίδουν ονόματα ηγουμένων και μοναχών, καταγράφοντας την ύπαρξη μοναστικής αδελφότητας και την κτηματική περιουσία της, αλλά και τα ίδια τα κειμήλια της (κώδικες, λειτουργικά βιβλία, δεσποτικές εικόνες) τεκμηριώνουν την κανονική λειτουργία του μοναστηριού στα χρόνια της Οθωμανικής αυτοκρατορίας μέχρι τον Απρίλιο του 1822.

Το 1822 η Μονή συμμετέχει ενεργά στην επανάσταση της εθνεγερσίας και παίζει καθοριστικό ρόλο στην εξέλιξη της, όντας το στρατηγείο των Μακεδόνων οπλαρχηγών και προκρίτων για τον σχεδιασμό των επαναστατικών κινήσεων, αλλά και πεδίο πολεμικών επιχειρήσεων (Μάχη Δοβρά 12-13 Μαρτίου 1822). Έτσι μετά την κατάπνιξη της εξέγερσης το μοναστήρι, ακολουθώντας την τύχη της Νάουσας και των γειτονικών χωριών, καταστρέφεται από τα στρατεύματα του Λουμπούτ Πασά.

Ωστόσο ήδη από το 1832 ξεκινά η προσπάθεια για την ανασυγκρότησή και την επαναλειτουργία της που κορυφώνονται με την ανακατασκευή το 1844 του καθολικού της που γιορτάζει την Κοιμήση της Θεοτόκου.

Λίγο πριν από την απελευθέρωση της Μακεδονίας το 1912, η διαχείριση της περιουσίας της μονής ανατίθεται στο εκκλησιαστικό συμβούλιο του Ι.Ν. Αγίου Αντωνίου Βεροίας, ενώ από το 1934 την διεύθυνση της αναλαμβάνουν αποκλειστικά λαϊκοί.

Το 1947 σε έκταση γης της Μονής ιδρύεται η Παιδούπολη, χώρος φιλοξενίας άπορων και ορφανών παιδιών που από το 1950 έως το 1970 λειτουργεί υπό την αιγίδα της Βασιλικής Πρόνοιας και ακολούθως υπό την εποπτεία του Εθνικού Οργανισμού Πρόνοιας έως το 1986 που παύει να λειτουργεί.

Το 1995, χάρη στις προσπάθειες του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτη Βεροίας, Ναούσης και Καμπανίας κ. Παντελεήμονα, η Ιερά Μονή Κοιμήσεως Θεοτόκου Δοβρά Βεροίας επανιδρύεται ως ανδρώα κοινοβιακή μονή, καταρτίζεται ο εσωτερικός κανονισμός της (1997) και επανέρχεται οριστικά η ιδιοκτησία της στη δικαιοδοσία της Ιεράς Μητρόπολης Βεροίας και Ναούσης (1999).

Μετά την επανίδρυση της Μονής, την εκλογή ηγουμένου και την εγκατάσταση κοινότητας μοναχών και ιερέων στο χώρο της, ξεκίνησε η διαδικασία ανασυγκρότησης της, ανακαινίσθηκε το καθολικό, ανακατασκευάσθηκε το αγιάσμα της Ζωοδόχου Πηγής, δημιουργήθηκαν νέες κτηριακές εγκαταστάσεις που φιλοξενούν το αρχονταρίκι, τα κελιά και διάφορες άλλες λειτουργίες και διαμορφώθηκε ο περιβάλλων χώρος.