Σημείο αναφοράς και πόλος συνοχής του πολυκεντρικού μουσείου είναι το νέο μουσείο, το κεντρικό μουσειακό κτήριο που σχεδιάστηκε για να γίνει η νοηματική πύλη εισόδου στον αρχαιολογικό χώρο και στην ιστορία των Αιγών, στην ιστορία και τον πολιτισμό των Μακεδόνων, αλλά και στην ελληνιστική Οικουμένη, εφόσον εδώ θα φιλοξενηθεί η φυσική έδρα του ψηφιακού μουσείου «Μέγας Αλέξανδρος, από τις Αιγές στην Οικουμένη».
Το νέο Μουσείο, εκτός από το εισαγωγικό έκθεμα «παράθυρο στον κόσμο του Μεγάλου Αλεξάνδρου» φιλοξενεί πέντε εκθέσεις: την έκθεση αρχιτεκτονικών με κεντρικό έκθεμα το αναταγμένο τμήμα του ανακτόρου, την έκθεση γλυπτών, την κεντρική έκθεση «Αιγών μνήμη», την περιοδική έκθεση «Οικουμένης Αντίδωρον» και την εικαστική έκθεση «Ύλης μνήμη» με έργα του Χρήστου Μποκόρου που δημιουργήθηκαν ειδικά για την παρουσίαση στο μουσείο των Αιγών.