Η αχανής  νεκρόπολη των Αιγών, που η έκτασή της ξεπερνά τα 2.000 στρέμματα, απλώνεται στον κάμπο, στα βόρεια του τειχισμένου άστεως, από το οποίο την χωρίζει ένας βαθύς χείμαρρος. Οι προσχώσεις των χειμάρρων στα ανατολικά και η εντατική καλλιέργεια στα βόρεια  έχουν αλλοιώσει σημαντικά το ανάγλυφο του εδάφους και η αρχική έκτασή της δεν είναι δυνατό να υπολογιστεί με ακρίβεια. Στα δυτικά, όπου βρίσκεται o σύγχρονος οικισμός της Βεργίνας, η έλλειψη τύμβων αντισταθμίζεται από τις εκτεταμένες σωστικές ανασκαφές της Εφορείας Αρχαιοτήτων τα τελευταία 25 χρόνια, ενώ η διάνοιξη της επαρχιακής οδού Βέροιας-Μελίκης έκοψε κυριολεκτικά τη νεκρόπολη στη μέση. Παρόλα αυτά, στο κέντρο της νεκρόπολης, σε μια έκταση που φτάνει  τα 500 στρέμματα, 540 τύμβοι μεσαίου ή μικρότερου μεγέθους διατηρούνται ακόμη και δεσπόζουν με το πλήθος τους στον αρχαιολογικό χώρο.

 Λίγο πριν το τέλος της 2^ης προχριστιανικής χιλιετίας, η νεκρόπολη ξεκινά από τα βόρεια και επεκτείνεται, προχωρώντας σταδιακά προς τα νότια μέχρι το τέλος του 7^ου προχριστιανικού αιώνα, στο τελευταίο τέταρτο του οποίου εμφανίζονται καύσεις και πληθαίνουν στοιχεία που παραπέμπουν στη νότια Ελλάδα. Στις αρχές του 6^ου αι. π.Χ. η κατάσταση αλλάζει: η νεκρόπολη μετατοπίζεται περίπου μισό χιλιόμετρο νοτιότερα, πλησιάζοντας το άστυ, και εμφανίζονται δύο βασιλικές ταφικές συστάδες, φαινόμενο που πιθανότατα σχετίζεται με την εγκαθίδρυση της δυναστείας των Τημενιδών και την αναδιοργάνωση/ίδρυση του άστεως. Στα αρχαϊκά και στα κλασικά χρόνια η νεκρόπολη επεκτείνεται προς τα νοτιοδυτικά, δυτικά, βορειοδυτικά και βόρεια της κεντρικής βασιλικής συστάδας (Γ), ενώ στα μέσα του 4^ου αι. εμφανίζεται στο δυτικό άκρο μια νέα βασιλική ταφική συστάδα (Α), αυτή που θα δεχτεί και τον Φίλιππο Β΄. 

Τοποθετημένοι ο ένας δίπλα στον άλλο, οι τάφοι σχηματίζουν μικρές, πυκνές συστάδες που πιθανότατα ανήκαν σε οικογένειες. Οι συστάδες εξαπλώνονται στον χώρο, σχηματίζοντας μακριές, περίπου παράλληλες σειρές με κατεύθυνση από τα ανατολικά προς τα δυτικά-βορειοδυτικά, γεγονός που φανερώνει μια ευρύτερη οργάνωση του νεκροταφείου και επιτρέπει να ανιχνεύσουμε την κατεύθυνση των βασικών δρόμων. Είναι χαρακτηριστικό ότι στις μικρές οικογενειακές συστάδες που φαίνονται να διαρκούν για μια ή δύο γενιές ενταφιάζονται άντρες, γυναίκες και παιδιά, μολονότι τα τελευταία αποτελούν μια απροσδόκητα μικρή μειοψηφία.

Στα χρόνια του Αλέξανδρου Γ΄ (336-323 π.Χ.) ο χώρος στα ανατολικά του τύμβου του Φίλιππου Β΄ γεμίζει σιγά-σιγά με ταφικές συστάδες και η τάση εξάπλωσης οδηγεί τώρα ακόμη πιο ανατολικά-βορειοανατολικά, επιστρέφοντας προς την περιοχή της παλιάς νεκρόπολης του 7^ου αι. π.Χ. Στα ελληνιστικά χρόνια η περιοχή στα βόρεια και βορειοανατολικά του μεγάλου περιβόλου γεμίζει με τύμβους που σώζονται ακόμα και σχηματίζουν πυκνές σειρές και συστάδες, ορίζοντας την πορεία των αρχαίων δρόμων που διέσχιζαν την καρδιά της νεκρόπολης. Οι ελληνιστικοί τύμβοι κατασκευάζονται άλλοτε σε χώρο ελεύθερο και άλλοτε καταλαμβάνουν τον χώρο τύμβων της νότιας ζώνης της νεκρόπολης της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου και των πρώιμων αρχαϊκών χρόνων (τέλος 8^ου – 7^ος αι. π.Χ.), που μετά από 400 και πλέον χρόνια ίσως δεν ήταν πια αναγνωρίσιμοι.

Μετά την οριστική κατάλυση του Μακεδονικού βασιλείου και την εκτεταμένη καταστροφή του άστεως των Αιγών στα μέσα του 2^ου αι. π.Χ. μέχρι και τον 1^ο αι μ.Χ., που το άστυ εγκαταλείπεται, οι ταφές διασπείρονται παντού. Υπάρχουν αραιές ομάδες στην περιοχή της νεκρόπολης των αρχαϊκών και κλασικών χρόνων που εκτείνονται και νοτιότερα, αλλά και δυτικότερα και βορειότερα από αυτήν, ενώ πολύ πυκνότερες είναι οι ταφικές συστάδες της εποχής αυτής προς τα βορειοανατολικά και τα ανατολικά ακόμη και πέρα από τον "Βαθύλακκο". Ταφές αυτής της εποχής βρίσκονται και στην περιοχή της συστάδας των Τημενιδών και στον μέχρι τότε ελεύθερο χώρο στα ανατολικά της, αλλά και μέσα στον χώρο του μεγάλου περιβόλου που προφανώς δεν χρησιμοποιείται πια για την πρωταρχική λειτουργία του, αφού η Μακεδονία δεν είναι πια αυτόνομο κράτος αλλά μια ρωμαϊκή επαρχία.

Η Νεκρόπολη των Αιγών ήταν διάσημη στην αρχαιότητα ως τόπος ταφής των Μακεδόνων βασιλέων. Έχουν βρεθεί ως τώρα 34 βασιλικοί τάφοι σε τρεις βασιλικές ταφικές συστάδες, στη «συστάδα των βασιλισσών» (Β) δίπλα στη βορειοδυτική πύλη του άστεως, στη «συστάδα των Τημενιδών» (Γ) στο κέντρο και στη συστάδα του Φιλίππου Β΄ (Α) στο δυτικό άκρο της νεκρόπολης. Συνοψίζοντας τα δεδομένα που παρατηρούνται στις βασιλικές ταφικές συστάδες και μόνο σε αυτές, η διαφοροποίηση τους από τις υπόλοιπες εντοπίζεται στα εξής κύρια σημεία: 1. στην επιμονή στη διαχρονική χρήση του χώρου που ακολουθεί την εξέλιξη της δυναστείας των Τημενιδών και καλύπτει διάρκεια περίπου τριών αιώνων, 2. στο μέγεθος και την πολυτέλεια των ίδιων των ταφικών μνημείων, αλλά και των κτερισμάτων τους, που ακόμη και παρά την σύληση εντυπωσιάζουν με την ποικιλία, την ποιότητα και την ποσότητά τους, κερδίζοντας επάξια τον χαρακτηρισμό «θησαυροί», 3. στη χρήση του εθίμου της καύσης με μεγαλοπρεπείς ταφικές πυρές και πλούσιες προσφορές που ανακαλούν τις αντιλήψεις των επών και εμφανίζονται στις ταφές των νεκρών Τημενιδών της συστάδας Γ ήδη από το α΄ μισό του 6^ου αιώνα, επεκτείνονται στις βασίλισσες της συστάδας Β τον 5^ο αι. και αποτελούν τον απόλυτο κανόνα για τους βασιλικούς νεκρούς της συστάδας του Φιλίππου Β΄ τον 4^ο αι. π.Χ.

Στη βασιλική ταφική «συστάδα των Τημενιδών» (Γ) βρέθηκαν είκοσι ένας (21) τάφοι που χρονολογούνται από τα αρχαϊκά (α΄ μισό του 6^ου αι.) μέχρι τα πρώιμα ελληνιστικά χρόνια (τέλος 4^ου - αρχές 3^ου αι. π.Χ.). Γύρω στο 575 π.Χ. σε κενό χώρο ξεκινά η δημιουργία της βασιλικής συστάδας με μια εντυπωσιακή ταφική πυρά, δίπλα από την οποία κατασκευάζεται ο σχετικός λακκοειδής τάφος. Και οι τέσσερις παλιότεροι τάφοι είναι ευρύχωροι λάκκοι – δυο περιείχαν εγχυτρισμούς, οι άλλοι ήταν διαταραγμένοι. Επάνω και ολόγυρα από τους τάφους βρέθηκαν τα υπολείμματα των ταφικών πυρών: θραύσματα πήλινων και μετάλλινων αγγείων, μισολιωμένα κράνη, τελετουργικά νεκρωμένα, ασημοκάρφωτα σπαθιά με λαβές από ελεφαντόδοντο, σαν αυτά που μνημονεύονται στην Ιλιάδα, δόρατα και ακόντια, ακόμη και κομμάτια από χαλινάρια αλόγων, συνδέουν άρρηκτα τους Μακεδόνες της αρχαϊκής εποχής με τον κόσμο των ομηρικών επών.

Γύρω στα 540/30 οι λακκοειδείς τάφοι δίνουν τη θέση τους σε κτιστούς κιβωτιόσχημους -βρέθηκαν δώδεκα- που συνεχίζονται στον 5^ο αι. π.Χ. μεγαλώνοντας ολοένα, ώσπου να γίνουν ευρύχωρες υπόγειες αίθουσες 35-40 τετραγωνικών μέτρων. Ιδιαίτερα μνημειακοί όσο και απροσδόκητοι είναι οι δύο μεγάλοι υπόστυλοι τάφοι του 5^ου αι.  με τους ιωνικούς κίονες και τις πέτρινες σκάλες καθόδου. Το λεγόμενο «ηρώο» ορίζει το κέντρο της συστάδας του 5^ου αι. Σίγουρα υπέργειο, φαίνεται πως ήταν  μια ορθογώνια στενόμακρη κατασκευή με βοτσαλωτό δάπεδο. Με αυτό συνδέονται τα θραύσματα από ένα εντυπωσιακό μαρμάρινο ακρωτήριο ή επίστεψη/εις στήλης με φυτική μορφή.

 Όπλα, τμήματα από χάλκινα και ασημένια αγγεία, ελεφαντοστά και κεχριμπάρια, λευκές λήκυθοι, χρυσά δαχτυλίδια που βρέθηκαν παντού, παρά τη διαρπαγή, μαρτυρούν τον πλούτο των κτερισμάτων, ενώ τα χρυσά δισκάρια με το αστέρι που εμφανίζονται και εδώ όπως και στη συστάδα των βασιλισσών, τεκμηριώνουν την εμβληματική σχέση των Τημενιδών με το σύμβολο αυτό έναν αιώνα πριν από τον Φίλιππο Β΄. Την ομάδα συμπληρώνουν τρεις μεγάλοι μακεδονικοί τάφοι που χρονολογούνται στο τέλος του 4^ου και στις αρχές του 3^ου αι. π.Χ.